В начале 1960 года ситуация в стране обострилась. Несмотря на то, что в январе 1960 года вступил в силу закон о легализации политических партий, Коммунистическая партия не была признана властями и осталась на нелегальном положении. Произошел раскол и в рядах центральной партии страны – Национально-демократической партии (НДП). Часть ее членов во главе с Хадидом и Джавадом вышла из ее рядов и образовала Национально-прогрессивную партию, занявшую проправительственную позицию. Оставшиеся члены НДП во главе с Камелем Чадерчи с ноября 1960 года встали в оппозицию к правительству . Однако внутригосударственные проблемы не повлияли в значительной степени на военное сотрудничество между двумя странами. В Ираке по-прежнему продолжали работать советские военные специалисты и советники. В их числе был и капитан С.В. Кожевников – специалист по средствам радиолокации ПВО, командированный в качестве преподавателя, советника преподавателя факультета ПВО в техническом колледже, находившемся недалеко от Багдада. Он прибыл в Ирак в феврале 1962 года в составе группы военных специалистов из восьми человек. В задачу капитана Кожевникова входило обучение иракских сержантов-техников работе на радиолокаторе советского производства П-20. Курс обучения был рассчитан на 1 год, исходя из 600-700 часов учебного времени. 50-60% от всего времени отводилось практическим занятиям на полигоне. Курсанты занимались изучением конструкции станции, ремонтом, настройками, регулировками, регламентными работами и ведением боевой работы на образцах техники в войсках (военной стажировкой). Курсы заканчивались государственным экзаменом с выдачей курсанту диплома техника по ремонту и эксплуатации радиолокатора П-20. Кроме преподавательской работы, советским специалистам приходилось проводить инспекцию работы и технического состояния локаторов (в это время на боевом дежурстве находилось около 10 станций), а также их ремонт, так как иракские специалисты зачастую не могли это выполнить самостоятельно .
8 февраля 1963 года части иракской армии подняли восстание против правительства. Возглавляемые активными членами партии БААС полковниками Абдул Карим Мустафой и Ахмедом Хасаном-аль-Бакром военные захватили багдадский радиоцентр и ряд правительственных зданий. Иракские Военно-воздушные силы, находившиеся на базе Хаббания (80 км от Багдада), присоединились к повстанцам и приняли участие в боевых действиях. 9 февраля арестованные генерал Касем и два его адъютанта были расстреляны в телевизионной студии (по другим данным, в собственном кабинете). К 12 февраля, согласно сообщению Багдадского радио, были казнены еще четыре высших офицера в отставке, обвиненные в измене. Начались жестокие репрессии против коммунистов и курдов. Всего, по сведениям западных периодических изданий тех дней, за период с 9 по 12 февраля погибло около 1500 человек.
На второй день переворота новое правительство – Национальный революционный совет во главе с полковником А.К. Мустафой, ставшим вскоре президентом, и Ахмедом Хасаном-аль-Бакром, занявшим пост премьер-министра, было признано Саудовской Аравией, Иорданией, Алжиром и Кувейтом . Советское правительство и КПСС открыто осудили действия баасистов.
18 ноября 1963 года армейская группировка во главе с Абдель Салямом Арефом совершила новый переворот, сместив баасистское правительство и запретив партию БААС . Период 1964-1968 гг. характеризовался непрерывной борьбой за власть между различными политическими группировками, частыми сменами правительства.
17 июля 1968 года партия БААС совместно с группой офицеров – членов подпольной организации "Движение арабских революционеров" совершила очередной государственный переворот, в результате которого власть перешла к руководству этой партии и правительству во главе с генералом Ахмедом Хасаном-аль-Бакром (бывшим в 1963 г. премьер-министром первого баасистского правительства). Высшим органом власти стал Совет революционного командования (СРК). Правительство освободило из тюрем политических заключенных, в том числе членов ИКП, восстановило на прежних должностях лиц, уволенных ранее по политическим мотивам, освободило низкооплачиваемые категории трудящихся от "оборонного налога". В 1970 году был принят новый закон о труде, а также закон о пенсиях и социальном обеспечении рабочих, новый закон об аграрной реформе. 11 марта 1970 года принято Заявление о мирном демократическом урегулировании курдской проблемы: признавалось право курдов на национальную автономию в рамках Иракского государства; разрешалась деятельность курдских организаций, в том числе Демократической партии Курдистана; курдский язык объявлен вторым официальным языком; в правительство вошло 5 министров-курдов; начато осуществление программы экономического развития Курдистана.