Весной 1951 года встал вопрос о переводе Бочкова на другую работу. Заместитель министра внутренних дел СССР Обручников внес предложение о назначении его заместителем начальника Главного управления исправительно-трудовых лагерей и колоний. Предложение было принято. Бочков в ранге заместителя начальника ГУЛАГа возглавил управление военизированной охраны. В связи с реорганизацией МВД СССР, по постановлению Совета Министров СССР от 28 марта 1953 года Главное управление исправительно-трудовых лагерей было передано в ведение Министерства юстиции СССР. Начальником его стал генерал-лейтенант Долгих. 24 июня 1953 года В. М. Бочков приказом министра юстиции СССР был назначен заместителем начальника Главного управления лагерей — начальником управления охраны, а 10 октября материалы об утверждении его в этой должности были направлены секретарю ЦК КПСС Н. С. Хрущеву. Однако в декабре того же года заместитель министра юстиции СССР Кудрявцев обратился в ЦК КПСС с просьбой «снять с рассмотрения учетные материалы» на Бочкова. Несмотря на эти «происки», Виктор Михайлович остался работать в конвойных войсках, а в январе 1954 года ГУЛАГ вновь был возвращен в Министерство внутренних дел СССР. В отставку В. М. Бочков ушел в мае 1959 года.
После увольнения в запас В. М. Бочков в течение долгого времени еще работал на производстве. В ноябре 1961 года он возглавил сектор Всесоюзного проектно-технологического института строительства дорожного машиностроения Мосгорсовнархоза, а с сентября 1963 года занимал должность заместителя начальника отдела Проектно-конструкторского технологического института машиностроения. С августа 1981 года был пенсионером министерства внутренних дел СССР.
В 1977 году умерла жена Бочкова, Мария Павловна. В ноябре 1980 года Виктору Михайловичу Бочкову исполнилось 80 лет. В связи с этим и. о. Генерального прокурора СССР А. М. Рекунков направил юбиляру теплое приветственное письмо.
В. М. Бочков скончался 2 августа 1981 года. Похоронен на Новодевичьем кладбище в Москве.