Так или иначе, но смена руководства лишь накалила и без того взрывоопасную ситуацию в стране. Авторитет новой власти был с первых дней подорван массовыми арестами, расстрелами неугодных, поспешными, не отвечающими национальным традициям реформами, казнями мусульманских богословов. Коснулись репрессии и афганских вооруженных сил. Численность многих соединений армии в 1979 году сократилась в три-четыре раза, а численность офицеров – примерно в 10 раз .
О сложившейся в стране ситуации известный советский востоковед Ю. Ганковский пишет: "За изъятые земли компенсация не выплачивалась даже тем землевладельцам, кто служил в армии. Это сделало многих военнослужащих восприимчивыми к антиправительственной пропаганде. Оформление документов на землю было связано для крестьян с большими расходами, так как им надо было платить не только за получаемые по реформе участки, но и за те, что у них были раньше. Во многих районах отказавшимся брать на таких условиях землю крестьянам угрожали репрессиями. Все это привело к тому, что большая часть афганского крестьянства не приняла революционных преобразований. А это резко сузило социальную базу революции. Началась массовая эмиграция населения в приграничные районы Пакистана, Ирана. Все это искусно использовали силы внутренней контрреволюции, развернувшие необъявленную войну против революционного Афганистана" . В результате массовой эмиграции из страны убыло до 5 млн. человек, из них более 2,5 млн. в Пакистан, значительная часть в Иран, а также на Ближний Восток, в Китай и другие страны. Многие из них вскоре прошли обучение в специальных военных лагерях и вернулись в составах отрядов моджахедов в Афганистан. Молодое же поколение, изучив в медресе основы исламского фундаментализма и пройдя подготовку у военных инструкторов, впоследствии было организовано в движение, получившее название "Талибан" (в переводе "Страждущие").
Однако самые серьезные ошибки были допущены в сфере религии. Было запрещено обучение исламу, осквернены многие минареты и мечети, по приказу X. Амина физически уничтожено большое количество мулл.
В сложившейся обстановке советское руководство вынуждено было в июле 1979 года направить в Афганистан батальон десантников под командованием подполковника В.И. Ломакина (1-й парашютно-десантный батальон 345-го гв. опдп, дислоцировался в Фергане). Задачей батальона, прибывшего на аэродром Баграм, являлось "обеспечение безопасности при возможной эвакуации советских граждан в случае дальнейшего обострения обстановки в стране" , а также охрана аэродрома, на который прибыла эскадрилья транспортных самолетов Ан -12 с советскими экипажами. Эта эскадрилья была, предоставлена афганской стороне для "выполнения воздушных перевозок в интересах Афганистана". Спустя почти пять месяцев сюда же, на аэродром Баграм, стали прибывать и первые советские воинские формирования.
Важным мотивом, подтолкнувшим советское руководство к принятию силового решения в афганском кризисе, стали разведывательные данные, поступавшие в Москву как из Афганистана, так и из США.
Как выяснилось позже, многие из них были инспирированы западными спецслужбами с целью дестабилизировать ситуацию в Афганистане и граничащих с ним советских республиках и усилить этот процесс, втянув СССР в кровопролитную войну.
А.Н. Яковлев – один из лидеров горбачевской эпохи, в своих воспоминаниях пишет, что "имелось огромное количество материалов, показывающих, как работала американская разведка, готовя нам ловушку в Афганистане. В КГБ были переданы горы дезинформации" . Так, из Кабула по линии КГБ почти ежедневно поступала информация о том, что Амин "без охраны в нарушение дипломатического этикета" регулярно посещает резидентуру ЦРУ в американском посольстве, что он "давно вошел в контакт с американской разведкой". Представитель КГБ в Афганистане Б.С. Иванов докладывал, что Амин во время учебы в США состоял в руководстве землячества афганских студентов, а оно функционировало под контролем ЦРУ . Сейчас же он "тайно обсуждает варианты военной поддержки Америкой своего режима, вплоть до ввода под благовидным предлогом оккупационных войск". Более того, "абсолютно достоверные данные" говорили о "согласии Амина разрешить размещение в приграничных с СССР провинциях Афганистана американских средств технической разведки – вместо частично сокращаемых установок в Пакистане и Турции".