То, что Нюрина в первые годы Советской власти идейно противостояла большевикам, был факт общеизвестный. Поэтому для пущей убедительности агент приплел к своему донесению и «погромную речь» и «пулемет».
По всей видимости, агент знал о материале, который в свое время рассматривался в ЦКК при ЦК ВКП(б). Дело заключалось в следующем. В конце 1920-х годов некая С. и ее муж М. обратились с письмом в ЦК партии, в котором сообщали о том, что в 1919 году Ф. Е. Нюрина и ее брат Д. А. Петровский-Липец были причастны к расстрелу петлюровцами их родственников. ЦКК при ЦК ВКП(б), после соответствующей проверки, рассмотрел этот вопрос на своем заседании 29 июня 1929 года и признал, что обвинения против Нюриной являются «недоказанными». Из материалов проверки усматривалось, что сестры С. были арестованы и расстреляны петлюровцами, однако Нюрина никакого отношения к этому не имела. В документе ЦКК отмечалось, что Нюрина и ее брат Петровский-Липец, а также муж Нюренберг действительно являлись бундовцами и вели борьбу «против взглядов и деятельности большевистской партии». Однако этого она никогда не скрывала, от своих прежних взглядов отказалась и в 1920 году вступила в большевистскую партию.
Дело Ф. Е. Нюриной принял к своему производству оперуполномоченный 4-го отдела 1-го управления НКВД лейтенант госбезопасности Зайцев. Каких-либо свидетелей по ее делу не вызывалось. Следователь приобщил только выписки из протоколов допросов руководящих работников органов юстиции и прокуратуры, с которыми Нюрина общалась по роду своей службы, и к тому времени уже арестованных, в частности, наркома юстиции СССР Н. В. Крыленко, заместителя Прокурора Союза ССР Г. М. Леплевского, помощника прокурора РСФСР В. М. Бурмистрова и др. Все они «изобличали» Ф. Е. Нюрину, как активного участника антисоветской организации, якобы существовавшей в органах прокуратуры.
Первый (и единственный) протокол допроса Ф. Е. Нюриной был составлен лишь 27 июля 1938 года. А 22 июля ей было предъявлено обвинение в преступлениях, предусмотренных статьями 58-7, 19-58-8 и 58–11 УК РСФСР. Можно только догадываться, что происходило в течение трех месяцев, которые Фаина Ефимовна провела в тюрьме. Пытки, истязания, оскорбления? Однако ничто не могло сломить волю мужественной женщины. Все усилия «заплечных дел мастеров» оказались тщетными. Несмотря на прямые «изобличения», она твердо и решительно отвергала все обвинения и виновной себя не признавала. В отличие от некоторых прокуроров, сломленных в ежовских застенках, Ф. Е. Нюрина не «потянула» за собой никого из окружавших ее людей.
Сразу же после допроса, оперуполномоченный Зайцев составил краткое, на одном листе, обвинительное заключение. В этом документе отмечено, что Ф. Е. Нюрина была арестована, как участник антисоветской организации правых. И далее: «Нюрина проводила вербовочную работу, вовлекая в организацию правых новых участников. Ею были завербованы бывшие прокурорские работники Бурмистров В. М. и Деготь. На протяжении ряда лет проводила подрывную вредительскую работу в прокуратуре, разваливая работу органов прокуратуры и извращая политику ВКП(б) и Советской власти в области революционной законности, ослабляя борьбу с врагами народа». Обвинительное заключение было согласовано с начальником 4-го отделения 4-го отдела 1-го управления НКВД капитаном государственной безопасности Аронсоном, а утвердили его начальник 4-го отдела Глебов и заместитель Прокурора Союза ССР Рогинский.
Далее судебный конвейер действовал уже стремительно и без остановки. 28 июля под председательством диввоенюриста Никитченко состоялось подготовительное заседание военной коллегии Верховного суда СССР. На нем присутствовал также и Рогинский. Было принято решение дело Ф. Е. Нюриной заслушать в закрытом судебном заседании в порядке закона от 1 декабря 1934 года, то есть без участия обвинения и защиты и без вызова свидетелей.
Судебное заседание выездной сессии военной коллегии открылось 29 июля 1938 года в 18 часов 20 минут под председательством того же Никитченко. В качестве судей участвовали диввоенюрист Горячев и бригвоенюрист Романычев. После выполнения некоторых формальностей (удостоверение личности подсудимой, выяснения вопроса о том, вручено ли ей обвинительное заключение) секретарь судебного заседания Костюшко зачитал обвинительное заключение. На традиционный вопрос о виновности Ф. Е. Нюрина сказала, что виновной себя не признает. Тогда были оглашены (частично) показания Крыленко. Нюрина назвала их «явной клеветой». После этого Никитченко зачитал показания Липшица, Леплевского и других лиц, говоривших о ее якобы вредительской деятельности в органах прокуратуры. Нюрина назвала эти показания «злостной клеветой». В последнем слове Ф. Е. Нюрина сказала, что ее «оклеветали враги», что ни в каких контрреволюционных организациях она не состояла и просила суд «тщательно разобраться» в деле. Однако это, конечно же, в планы суда не входило. Ведь приговор был уже фактически предрешен.