В тот самый день, когда Акимов представился государю, я получил от его величества записку, в которой он писал, что Акимов ему очень понравился и чтобы я представил указ о назначении его министром юстиции».
Приход М. Г. Акимова в Министерство юстиции совпал с активным наступлением царизма на революционное движение. Обстановка в столицах была тяжелая и взрывоопасная. В одном из выступлений в Государственном совете весной 1906 года Акимов говорил: «Правительство после тех беспорядков, которые произошли 18 октября 1905 года, сложило руки и находится в ожидании и в том умилении, которое проявилось во всех общественных сферах и в народе. Всем нам известно, в чем выражалось это умиление. При полном бездействии правительства стали собираться митинги. Все учебные заведения, под покровительством так называемой интеллигенции, наполнили подростками и рабочими. А о чем они там говорили? Они там оскорбляли царя, того царя, из глубины благороднейшего сердца которого они получили Манифест. Они там говорили о вооружении и, действительно, стали вооружаться… Народ, под предводительством учителей и низшей интеллигенции, действительно шел на погромы, сжигал и грабил чуть ли не целые губернии… Россия была вся истерзана, а революционная печать перечисляла ужасы и с радостью указывала, что правительство бессильно бороться против революционной воли народа, что правительство не может напрячь свои силы и очнуться от спячки».
М. Г. Акимов внес в стены Министерства юстиции «живую струю», он упростил делопроизводство, потребовал излагать бумаги кратко и ясно, без «бюрократических украшений». Главным для него была быстрота исполнения, а не высокий стиль. Он стал резко ломать, по словам Щегловитова, «внедрившуюся в судебную практику привычку возбуждать преследование не столько против революционеров, сколько против чинов полиции, допускавших будто бы превышение власти при прекращении беспорядков». «Слабодушие некоторых судей, занимавшихся вместо отправления правосудия политическою пропагандою, — писал Щегловитов, — потребовало от Михаила Григорьевича самых решительных средств, а именно испрошения высочайших повелений об увольнении их от службы».
Акимов, в угоду правительству, беспощадно преследовал «политические шатания» в судебном ведомстве. Однако он все же считал нужным и заступаться за своих подчиненных в тех случаях, когда они, по его мнению, подвергались несправедливым обвинениям со стороны полиции. В одной из своих резолюций он писал: «Огульное и голословное указание на неблагонадежность прокурорского надзора и неудовлетворительность действий судебной власти не может вызвать никаких распоряжений». В другой раз Акимов написал министру внутренних дел о том, что «случаи доставления неверных сведений о чинах Министерства юстиции уже неоднократно повторялись», и поэтому он просил дать распоряжение «о более осмотрительном отношении чинов Министерства внутренних дел к получаемым ими сведениям о деятельности и направлении лиц судебного ведомства».
Председателя Совета Министров С. Ю. Витте новый министр юстиции вполне устраивал. Он писал о нем: «Должен сказать, что во все время, пока Акимов был министром юстиции в моем министерстве, он держал себя весьма прилично; проводя в Совете консервативные идеи, он в этом направлении был гораздо сдержаннее и, если так можно выразиться, — законнее, нежели Дурново. Я бы не мог указать ни одного действия Акимова, как министра юстиции, которое шло бы вразрез с тем направлением, которое естественно и логично вытекало из принципов, провозглашенных 17 октября, конечно, толкуемых в консервативном направлении, но без натяжек, «совестливо».