После расследования Ленских событий С. С. Манухин вплоть до Октябрьской революции 1917 года продолжал занимать ответственные посты в Государственном совете.
При Советской власти С. С. Манухин работал консультантом наркомата и являлся членом сапропелевого комитета Академии наук. В июне 1921 года он был арестован по обвинению в участии в «Петроградской боевой организации», во главе которой стоял профессор В. Н. Таганцев. Манухин входил в так называемую профессорскую группу, которая, по версии следствия, идейно направляла работу заговорщиков. Осужден 29 августа 1921 года, но вскоре был амнистирован.
С. С. Манухин скончался в 1921 году.