Нащокин не любил сдаваться ни врагам, ни враждебным обстоятельствам. Он так верил в свою псковскую реформу, что впал в самообольщение при своем критическом уме, так хорошо выправленном на изучении чужих ошибок. В псковском городовом положении он выражает надежду, что, когда эти псковские «градские права в народе поставлены и устроены будут», на то смотря, жители и других городов будут надеяться, что и их пожалуют таким же устроением. Но в Москве решили прямо наоборот: в Пскове не подобает быть особому местному порядку, «такому уставу быть в одном Пскове не уметь». Однако в 1667 г., став начальником Посольского приказа, во вступлении к проведенному им тогда Новоторговому уставу Нащокин не отказал себе в удовольствии, хотя совершенно бесплодном, повторить свои псковские мысли о выдаче ссуд недостаточным торговцам из московской таможни и городовых земских изб, о том, чтобы маломочные торговые люди складывались с крупными капиталистами для поддержания высоких цен на русские вывозные товары и т. д. В этом уставе Нащокин сделал еще шаг вперед в своих планах устроения русской промышленности и торговли. Уже в 1665 г. псковские посадские люди ходатайствовали в Москве, чтобы их по всем делам ведали в одном приказе, а не волочиться бы им по разным московским учреждениям, терпя напрасные обиды и разорение. В Новоторговом уставе Нащокин провел мысль об особом приказе, который ведал бы купецких людей и служил бы им в пограничных городах обороной от других государств и во всех городах защитой и управой от воеводских притеснений. Этот Приказ купецких дел имел стать предшественником учрежденной Петром Великим Московской ратуши или Бурмистерской палаты, ведавшей все городское торгово-промышленное население государства.
Таковы преобразовательные планы и опыты Нащокина. Можно подивиться широте и новизне его замыслов, разнообразию его деятельности: это был плодовитый ум с прямым и простым взглядом на вещи. В какую бы сферу государственного управления ни попадал Нащокин, он подвергал суровой критике установившиеся в ней порядки и давал более или менее ясный план ее преобразования. Он сделал несколько военных опытов, заметил недостатки в военном устройстве и предложил проект его преобразования. Конную милицию городовых дворян он признавал совсем непригодной в боевом отношении и считал необходимым заменить ее обученным иноземному строю ополчением из пеших и конных «даточных людей», рекрутов. Очевидно, это мимоходом высказанная мысль о регулярной армии, комплектуемой рекрутскими наборами из всех сословий. Что бы ни задумывалось нового в Москве, заведение ли флота на Балтийском или Каспийском море, устройство заграничной почты, даже просто разведение красивых садов с выписными из-за границы деревьями и цветами, – при всяком новом деле стоял или предполагался непременно Ордин-Нащокин. Одно время по Москве ходили даже слухи, будто он занимается пересмотром русских законов, перестройкой всего государства и именно в духе децентрализации, в смысле ослабления столичной приказной опеки над местными управлениями, с которой Нащокин воевал всю свою жизнь. Можно пожалеть, что ему не удалось сделать всего, что он мог сделать; его неуступчивый и строптивый характер положил преждевременный конец его государственной деятельности. У Нащокина не было полного согласия с царем во взглядах на задачи внешней политики. Оставаясь вполне корректным дипломатом, виновник Андрусовского договора крепко стоял за точное его исполнение, т. е. за возможность возвращения Киева Польше, что царь считал нежелательным, даже прямо грешным делом. Это разногласие постепенно охлаждало государя к его любимцу. Назначенный в 1671 г. для новых переговоров с Польшей, в которых ему предстояло разрушать собственное дело, нарушать договор с поляками, скрепленный всего год тому назад его присягой, Нащокин отказался исполнить поручение, а в феврале 1672 г. игумен псковской Крыпецкой пустыни Тарасий постриг Афанасия в монахи под именем Антония. Он записал себе на память день своей отставки, 2 декабря 1671 г., когда царь при всех боярах его «милостиво отпустил и от всее мирские суеты свобод ил явно». Последние мирские заботы инока Антония были сосредоточены на устроенной им во Пскове богадельне. Он умер в 1680 г.